L'ISAE propose aux élèves des cycles ingénieurs SUPAERO et ENSICA des diplômes d'études supérieures :
pour le cursus SUPAERO :
- le DESIA (Diplôme d'Études Supérieures en Ingénierie des Affaires)
pour le cursus ENSICA :
- le DESII (Diplôme D'Etudes Supérieures en Ingénierie de l'Innovation)